作为新生力量，物流软件企业在发展过程中常常遭遇困惑和难题。
    从主观上讲，中国的物流软件企业本身基础差，起点低，造成行业整体水平不高。只有经过不断整合创新，将来才能逐渐走上规范、快速、健康发展。
从技术层面来看，物流信息系统的一个重要特征是开放性，要整合各种相关信息、联结各种相关机构、兼容各种技术和标准。但物流信息系统各种标准的不统一，影响了进一步提高物流效率。鉴于此，专家指出：
    1.所有的物流信息系统应有订单系统、仓储系统、运输系统和财务系统等模块，不同的企业的信息系统结构应有一个标准化的规范，使大家容易实现软件的对接和升级。
    2.数据单证要统一。运输单、仓储单、订货单、装箱单等，应形成若干个可供选择的标准。目前由于电子单证还不统一，不同的系统之间无法识别。除了电子单证格式应统一外，还需要进 行认证服务。以确保这个单证作为法律文件的有效性。
    例如，A系统的电子订单放在B系统中的有效性，应该由专门的服务部门或数据公司对它进行认证。针对这种单据的认证，国外有两种处理办法：一种是由专门的数据公司提供服务;另外一种就是客户管理系统服务。但后者不是全开放的，只是对某些客户提供接口，同时还要对客户开放的信息履行保密责任。
    3.代码有待统一。这里所说的代码包括商品代码、车辆代码、人员代码。代码不统一，容易造成统计困难、录入麻烦等问题。国家应该出台统一的商品交换码标准。
    目前东营物流软件企业面临的挑战还有：市场不规范，行业总体盈利能力不高，软件厂商利润低，难以在产品的可持续研发上下功夫，造成物流软件功能不强、供应商寿命不长等问题。